Comptabilité et fiscalité des professions de santé : ce que votre expert-comptable devrait vous dire chaque année

Vous êtes médecin, infirmière libérale, kinésithérapeute, chirurgien-dentiste ou autre professionnel de santé. Vous avez un comptable. Il produit vos bilans, dépose vos déclarations. Et chaque année, vous signez des documents sans vraiment savoir si la situation est optimisée ou simplement conforme.

Conforme et optimisé, ce n'est pas la même chose. La conformité évite le redressement. L'optimisation détermine combien vous gardez réellement de ce que vous gagnez.

Cet article couvre les points fiscaux et comptables que tout professionnel de santé libéral devrait maîtriser. Pas pour remplacer son comptable. Pour lui poser les bonnes questions.

La majorité des professionnels de santé libéraux démarrent en BNC (bénéfices non commerciaux) sous le régime de la déclaration contrôlée. C'est le chemin par défaut. Ce n'est pas toujours le plus avantageux.

À partir d'un certain niveau de revenus, le passage en société — SELARL principalement, parfois SCP ou SELAS — change significativement la charge fiscale et sociale globale.

La SELARL permet de dissocier la rémunération du dirigeant des bénéfices de la société. Les bénéfices non distribués sont imposés à l'impôt sur les sociétés (15 % jusqu'à 42 500 euros, 25 % au-delà). Les dividendes perçus par le professionnel sont soumis à la flat tax à 30 %. Comparé à une imposition à l'IR en tranche marginale à 41 % ou 45 %, l'écart peut représenter plusieurs milliers d'euros par an.

Le seuil de bascule n'est pas universel. Il dépend de votre niveau de revenus, de votre situation familiale, de vos charges réelles et de vos objectifs patrimoniaux. Un cabinet qui vous recommande la SELARL sans simulation personnalisée sur trois ans ne fait pas son travail.

Les questions à poser à votre comptable : à mon niveau de revenus actuel, quel est le différentiel net entre BNC et SELARL sur cinq ans ? Quels sont les coûts de création et de fonctionnement d'une SELARL dans mon cas ? Quel impact sur ma retraite selon la structure choisie ?

Pour aller plus loin : Passage en SELARL pour professions de santé : simulation chiffrée.

Chaque profession de santé a sa propre caisse de retraite complémentaire. Ce n'est pas un détail — c'est souvent la deuxième charge sociale après les cotisations URSSAF.

Médecins : CARMF (Caisse Autonome de Retraite des Médecins de France). Chirurgiens-dentistes : CARCDSF. Infirmières, kinésithérapeutes, orthophonistes, orthoptistes : CARPIMKO. Pharmaciens : CAVP. Sages-femmes : CARSAF.

Deux erreurs fréquentes commises par les cabinets non spécialisés santé.

La première : ne pas anticiper la montée en charge des cotisations. Les premières années d'installation, les cotisations sont calculées sur des bases forfaitaires. À partir de la troisième année d'activité, elles basculent sur les revenus réels. Cette montée en charge peut représenter un choc de trésorerie de 5 000 à 15 000 euros si elle n'est pas provisionnée.

La seconde : sous-utiliser les dispositifs de déduction. Les cotisations aux contrats Madelin (retraite supplémentaire, prévoyance, perte d'emploi) sont déductibles du bénéfice imposable dans la limite d'un plafond calculé sur vos revenus. Ce plafond est souvent partiellement utilisé. Un cabinet spécialisé calcule chaque année le montant exact déductible et propose d'y souscrire avant la clôture.

La règle de base : les actes médicaux et paramédicaux réalisés dans un but thérapeutique sont exonérés de TVA. Jusque-là, tout le monde le sait. La réalité est plus complexe.

Ce qui est exonéré : consultations, actes de soins, actes de rééducation, honoraires chirurgicaux, actes infirmiers, séances de kinésithérapie dans un cadre thérapeutique.

Ce qui peut être soumis à TVA : actes à visée esthétique non thérapeutique (chirurgie esthétique de confort, certains soins dentaires esthétiques) ; formations professionnelles données par un professionnel de santé à d'autres professionnels, si non certifiées Qualiopi ; expertises médico-légales dans certains cas ; vente de produits (lunettes, prothèses, compléments alimentaires) selon le statut juridique.

Un chirurgien-dentiste qui développe une activité d'implantologie esthétique en parallèle de ses soins remboursés peut se retrouver avec une activité mixte TVA/hors TVA. Sans gestion comptable adaptée, il risque un redressement sur la partie non exonérée.

Si vous exercez en société (SELARL, SELAS), la question de l'arbitrage rémunération / dividendes se pose chaque année. Ce n'est pas une décision à prendre une fois à la création. C'est une décision annuelle qui dépend de vos revenus, de votre situation personnelle et de la trésorerie de la société.

Les variables à intégrer : votre tranche marginale d'imposition ; vos droits à retraite (la rémunération sert de base de calcul, les dividendes non) ; vos projets patrimoniaux (acquisition immobilière, investissement) ; la trésorerie disponible dans la société.

Un comptable qui vous propose le même arbitrage que l'année précédente sans reposer la question ne fait pas son travail. Les conditions changent chaque année — revenus, taux d'imposition, taux de cotisations, objectifs personnels.

La règle pratique : se verser un salaire suffisant pour maintenir ses droits sociaux et optimiser sa retraite, et arbitrer le solde en dividendes selon la situation fiscale personnelle. Le curseur exact dépend d'un calcul que seul votre comptable peut faire avec vos chiffres réels.

Les professions de santé libérales ont des frais professionnels spécifiques. Beaucoup passent à côté de déductions légitimes par manque de suivi.

Frais couramment déductibles : loyer et charges du local professionnel (ou quote-part si cabinet à domicile) ; matériel médical et petit équipement ; frais de formation continue (DPC, congrès, abonnements à des revues professionnelles) ; frais de déplacement (véhicule professionnel ou indemnités kilométriques) ; cotisations aux syndicats et associations professionnelles ; abonnements aux logiciels de gestion (Doctolib, logiciels métier) ; frais de secrétariat ou de télésecrétariat.

Le véhicule professionnel. Deux options : déduire les frais réels (carburant, assurance, entretien, amortissement) ou appliquer le barème kilométrique. L'option la plus avantageuse dépend de la puissance du véhicule et du kilométrage annuel. Un cabinet qui ne fait pas cette comparaison chaque année laisse potentiellement 1 000 à 3 000 euros de déductions sur la table.

Le bureau à domicile. Si vous avez une pièce dédiée à usage exclusivement professionnel, une quote-part des charges (loyer, électricité, internet, assurance) est déductible. Sans suivi, cette déduction est rarement appliquée.

Notre guide détaillé : Charges déductibles pour le chef d'entreprise libéral.

Un professionnel de santé libéral qui tombe malade ou se blesse n'a pas de maintien de salaire automatique. Les indemnités journalières versées par la CPAM (pour les médecins conventionnés) ou par les caisses professionnelles sont plafonnées et démarrent après un délai de carence.

Sans contrat de prévoyance complémentaire, un arrêt de travail de trois mois peut représenter une perte de revenus de 10 000 à 40 000 euros selon le niveau d'activité.

Les contrats Madelin de prévoyance permettent de couvrir ce risque avec des indemnités journalières complémentaires. Les cotisations sont intégralement déductibles du bénéfice dans la limite du plafond Madelin.

Ce point est sous-utilisé. Les raisons : le comptable ne l'aborde pas systématiquement, le professionnel pense que c'est géré par sa caisse professionnelle, ou le contrat a été souscrit il y a dix ans et n'a jamais été réévalué au niveau de revenus actuel.

Votre comptable devrait vérifier chaque année que le niveau de couverture correspond à votre niveau de revenus actuel.

Les professions de santé libérales font l'objet de contrôles fiscaux réguliers. Pas parce que les praticiens sont suspectés de fraude. Parce que l'administration a des outils de recoupement précis : les données de remboursement de l'Assurance Maladie.

L'administration peut comparer vos honoraires déclarés avec les remboursements enregistrés par la CPAM au titre de votre numéro de professionnel de santé. Un écart significatif déclenche une vérification.

Les dépassements d'honoraires. Leur traitement fiscal doit être rigoureusement documenté. Un médecin en secteur 2 qui perçoit des dépassements doit les inclure dans ses recettes et peut déduire certains frais liés (formation, qualité d'accueil) sous conditions.

Les honoraires rétrocédés. Quand un médecin remplace un confrère ou se fait remplacer, les honoraires rétrocédés ont un traitement fiscal spécifique. Mal documentés, ils génèrent des redressements.

La quote-part personnelle dans les frais. Dans un cabinet de groupe ou une SCM (société civile de moyens), la répartition des charges entre associés doit correspondre à la répartition réelle de l'activité. Un écart est facilement détectable par recoupement.

Action Conseil anime un groupe WhatsApp dédié aux professionnels de santé libéraux. Médecins, infirmières, kinésithérapeutes, chirurgiens-dentistes, orthophonistes, sages-femmes.

Ce que vous recevez dans le groupe : les changements fiscaux qui impactent les libéraux de santé, expliqués simplement ; les deadlines à ne pas manquer (cotisations, déclarations, versements provisionnels) ; des cas pratiques sur les questions les plus fréquentes (TVA, frais déductibles, arbitrage rémunération) ; des réponses directes aux questions posées par les membres.

Le groupe est animé par Mikaël Madar et Aaron Madar, experts-comptables spécialisés santé à Maisons-Alfort depuis 2000. Pas de publicité. Pas de vente. Des informations utiles, au bon moment.

Rejoindre le groupe WhatsApp — Comptabilité professionnels de santé

L'accès est gratuit. Le groupe est ouvert aux professionnels de santé libéraux d'Île-de-France et de toute la France.

Voici les cinq questions concrètes à poser à votre comptable lors de la prochaine réunion de bilan.

1. Avez-vous comparé ma situation BNC avec une simulation en société cette année ? Si vous n'avez jamais eu cette conversation ou si elle date de plus de trois ans, la situation a peut-être évolué.

2. Mon plafond Madelin est-il utilisé à son maximum cette année ? Cotisations retraite supplémentaire, prévoyance, perte d'emploi. Un plafond sous-utilisé est une déduction perdue.

3. Avez-vous provisionné la montée en charge de mes cotisations de caisse professionnelle ? Si vous êtes en troisième ou quatrième année d'installation, c'est le moment où les cotisations basculent sur les revenus réels.

4. Mon niveau de prévoyance correspond-il à mes revenus actuels ? Un contrat souscrit il y a cinq ans au démarrage de l'activité est souvent sous-dimensionné par rapport au niveau d'activité actuel.

5. Avez-vous vérifié le traitement fiscal de mes honoraires rétrocédés / dépassements d'honoraires cette année ? Ces points sont les premiers contrôlés lors d'une vérification.

Si ces questions n'ont pas de réponses précises, votre cabinet ne fait pas de la comptabilité spécialisée santé. Il fait de la comptabilité générale appliquée à un professionnel de santé. Ce n'est pas la même chose.